第二阶段里这些士兵进行专门培训，这些第二阶段培训一般不在学校内完成，而是到潜艇部队里学习。他们被安排成值班观察员还有实习士官派往潜艇部队，登上执行巡逻任务或者是参加演习的潜艇进行学习。
然后他们将再次回到学校里学习，为登上自己的潜艇做最后的准备。而在这个时候，他们必须挑战每一个岗位，做鱼雷技工、轮机员和无线电接线员，一直到他们能胜任潜艇上的几乎每一个职务才算结束。
新指挥官还有他的船员们会在毕业之后给予一个短暂的假期，当然这个假期并不是自由随意的，他们会被派往基尔的潜艇制造工厂，在那里看着他们的战舰被生产制造出来。培养他们对自己潜艇设备的感情。
等到潜艇完工，就会成为他们的专属武器。之后的两个月时间里，他们会在这艘战舰上完成各种战术的学习，由潜艇最高指挥官邓尼茨亲自讲解，深入对潜水艇性能还有狼群战术的理解。
然后这艘潜艇将会出海，编入狼群开始自己的作战生涯，他们会在波罗的海平静的海上模拟各种作战情况，处理各种故障，包括舵轮卡死、压缩空气泄漏、泵阀破裂、漏水还有舰体受损等等。
“有那么一瞬间，你会觉得你可能是世界上最完美的战士了，你几乎无所不能，觉得可以完成任何任务，面对所有敌人都毫不畏惧……”一名潜艇指挥官是这么写他的日记的。
不过他几天后就纠正了自己的看法，当他的潜艇奉命前往波涛汹涌的北大西洋执行任务的时候，他才发现自己错的离谱。他在日记中记录道：“前几天我感觉我几乎能做到任何事，可是这几天我就被真正的作战环境彻底搞晕了——这里的风浪是波罗的海的五倍，我们还要和孤独无聊抗争，到处都是机油还有恶臭的汗渍味道，外面零下十度里面却需要光着身子干活，这里和地狱没什么分别。”
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